Δραστηριοποιείται με τους συντρόφους του και τους χωριανούς του στον Ελαιουργικό Συνεταιρισμό Πολεμαρχίου και Περιχώρων, στον οποίο προπολεμικά (1939) ο πατέρας του ήταν πρόεδρος και παίζει πρωτοπόρο ρόλο. Βαθύς γνώστης των αγροτικών θεμάτων, φαίνεται από την εισήγηση που κάνει σε σύσκεψη των αντιπροσώπων συνεταιρισμών Ανατολικής Κισάμου. Αφού αναλύει την υφιστάμενη οικονομική κατάσταση και εξηγεί τον προορισμό των αγροτικών συνεταιρισμών, μιλά αναλυτικά για τα θέματα της φορολογίας του κρασιού και του λαδιού.
Όλο αυτό το διάστημα και με κάθε ευκαιρία επιχειρείται με την καθοδήγηση των Άγγλων (πρακτόρων, Τζων κ.ά.) η δρομολόγηση προσπαθειών κι εκπόνηση σατανικού σχεδίου για την καλύτερη συγκρότηση της εθνικόφρονος πλευράς ώστε οι ΕΑΜικές και ΕΠΟΝίτικες δυνάμεις βρίσκουν διαρκώς μπροστά τους εμπόδια στην ανάπτυξη της πολιτικής τους δράσης. Η τρομοκρατία και οι διώξεις έγιναν καθεστώς που ονομάστηκε «Λευκή Τρομοκρατία», απλώθηκε παντού και τα θύματα του ήταν χιλιάδες. Όλη η Ελλάδα είναι ένα καζάνι που βράζει. Ο Κοντουδάκης σταθερός στα ιδανικά και στον αγώνα, ενοχλεί. Ο 90χρονος σήμερα Γιώργης Χριστοδουλάκης γραμματέας τότε της ΕΠΟΝ Νέας Χώρας, στη μαρτυρία του για τον Κοντουδάκη, μας είπε ότι τον θυμάται το 1946 να παρευρίσκεται ως εκπρόσωπος του ΑΚΕ, σ’ ένα γλέντι που έκανε η ΕΠΟΝ στο Πανελλήνιο που ακούστηκαν κυρίως τραγούδια της αγροτιάς και ότι κατασυκοφαντήθηκε από την αντίδραση η οποία μέσω των «γυπαραίων» έσπερνε ψιθύρους ότι «έκανε υποχώρηση».
Στις 20-3-1946 αρχίζει νέα απεργία στα Χανιά. Επίσης πληροφορούμαστε ότι την Κυριακή 24 του Μάρτη θα έλθουν για πρώτη φορά να μιλήσουν στα Χανιά οι αρχηγοί του απελευθερωτικού αγώνα από την Κ.Ε. του ΕΑΜ οι Γαβριηλίδης, Σιάντος και Παρτσαλίδης.
Στις 31-3-1946 έγιναν εκλογές από τις οποίες το ΕΑΜ απείχε. Σε ένα μακροσκελές σημείωμα της 28-3-1946 αναλύονται τα επιχειρήματα και αναζητούνται τρόποι αντιμετώπισης του προβλήματος που προκύπτει.
Μετά τη συμφωνία της Βάρκιζας ιδρύεται πανελλαδικά η Πανελλήνια Ένωση Αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης (ΠΕΑΕΑ) 41-45. Στα Χανιά στις 7-8-1946 ιδρύεται το «Σωματείον ΕΛΑΣ» που είναι κομμάτι της ΠΕΑΕΑ. Φυσικά ο Κοντουδάκης είναι μέλος της.
Το ΕΑΜ, η ΕΠΟΝ και η Ε.Α. μετά την απελευθέρωση και κάτω από πολύ δύσκολες συνθήκες στο πλαίσιο του οξύτατου προβλήματος επιβίωσης ιδιαίτερα των παιδιών δημιούργησαν το 1946 Παιδικές εξοχές στα Παλιά Ρούματα. Στις 7 Αυγούστου σε σημείωμα που στέλνει στον Κοντουδάκη ο συναγωνιστής του Μαλανδράκης του λέει: «Αγαπητέ μου Γιάννη, σου γράφω βιαστικά. Ήλθαν εδώ για παιδική εξοχή 50 παιδιά της Εθνικής Αλληλεγγύης. Σε παρακαλώ φρόντισε να μαζευτή μια ποσότης σταφίδα για τα παιδιά. Τα δίνετε στον Μιχάλη Δημητριάδη. Επίσης κάνετε μια προσπάθεια στον Ταυρωνίτη για καρπούζια και τη Βλαχερωνίτισσα για ντομάτες. Ο Σταμάτης (Κουριδάκης) έγραψε σχετικά στη συναγωνίστρια Αθανασία Στεφανουδάκη, ο Μιχάλης θα σου επιστρέψει τις κόφες που θα στείλετε […]». Στις 12-8 ο ίδιος επανέρχεται με νέο σημείωμα στο οποίο γράφει: « […] Κρατιούνται εδώ οι παιδικές εξοχές ύστερα από συνεχή δουλειά της ΕΠΟΝ βέβαια αλλά και προσωπική δική μου. Θέλουν τόσα πολλά και τόση πολλή δουλειά που το βλέπει κανείς μόνο στην πράξη. Μεταφορές από τα σαμάρια μες στο σχολείο στο μύλο. Ζύμωμα, μαγείρεμα, υπηρεσία προμήθεια ορισμένων ειδών που δεν υπάρχουν εδώ. Το κρέας και τα αυγά, φρούτα και τόσα άλλα. Ότι μπορείς κάμε Γιάννη για φρούτα, ντομάτες, καρπούζια. Ιδιαίτερα, φρόντισε, Γιάννη για αυγά. Εξαντλήθηκαν και χρειάζονται 110 κάθε μέρα. Εάν μπορούν να μαζευτούν με έρανο τόσο το καλύτερο. Εάν δεν μπορεί να γίνει τότε στείλε σημείωμα να μαζευτούν απ’ αυτού αν υπάρχουν βέβαια με πληρωμή της Εθνικής Αλληλεγγύης. Παρακίνησε και τα γύρω χωριά να στείλουν τίποτα […]».
Στα Χανιά ο εμφύλιος ξεκινά στις 22 Απρίλη του 1947 με τη σύλληψη 12 στελεχών της Ν.Ε. του ΕΑΜ οι οποίοι «μεταφέρθηκαν με το βενζινόπλοιο «Άφοβος» στον Πειραιά κι από κει εκτοπίστηκαν σε νησιά του Αιγαίου».1 Ο Κοντουδάκης κυνηγημένος από το μεταδεκεμβριανό κράτος, φεύγει το 1947 για το βουνό προς την πλευρά των Παλιών Ρουμάτων, όμως πιάνεται και έχει την τύχη των προηγούμενων. Πρώτος τόπος εξορίας το κολαστήριο της Μακρονήσου, ο «Παρθενώνας του νέου ελληνισμού» κατά τον Παναγιώτη Κανελλόπουλο ή το «αναρρωτήριο ψυχών» κατά τον Κων/νο Τσάτσο. Στις αρχές φθινοπώρου του ΄47, με την αμνηστία που έδωσε ο πρωθυπουργός Θεμιστοκλής Σοφούλης, φαίνεται να ξαναγυρίζει στο χωριό του. Γίνεται προσπάθεια να παραπεμφθεί στο στρατοδικείο, όμως δεν μπορούν να βρουν επαρκή δικαιολογία για να το κάνουν.
Από τον κόκκινο βράχο, το 1950 μεταφέρεται στον Άη Στράτη στη Λήμνο. Εκεί περνά αρκετά χρόνια. Με συνεχείς παρατάσεις της εκτόπισής του, από την Πρωτοβάθμια επιτροπή δημόσιας ασφάλειας ν. Χανίων η οποία εξετάζοντας την εισήγηση της Διεύθυνσης Χωροφυλακής Χανίων για τους κρινόμενους εκτοπισμένους (Ανδρέα Τσατσαρωνάκη, Γιώργο Κουμανδράκη, Μανώλη Βλαχάκη, Κώστα Βουτετάκη και τον ίδιο), σημειώνεται: «[…] Επειδή εκ των προσκομισθέντων αυτή στοιχείων σαφώς και ανενδοιάστως προκύπτει ότι οι ανωτέρω αδειούχοι εκτοπισμένοι κομμουνισταί, επανελθόντες εκ του τόπου της εκτοπίσεως των, προσωρινής εμφανίσεως των, τη αδεία του Υπουργείου Εσωτερικών, όχι μόνον εξακολουθούσι να εμφορούνται υπό των αυτών αντικοινωνικών και αντεθνικών αντιλήψεων, αλλ’ ως απεδείχθη εκ της παρακολουθήσεως αυτών, ούτοι τυγχάνουσι αμετανόητοι και επικίνδυνοι κομμουνισταί εις την δημόσιαν και εθνικήν του κράτους ασφάλειαν. ΔΙΑ ΤΑΥΤΑ Γίνεται αποδεκτή η ως άνω πρότασις της Δ/σεως Χωρ/κής και διατάσσει την επί εν εισέτι έτος παράτασιν της ποινής εκτοπίσεως των αδειούχων εκτοπισμένων κομμουνιστών […] 4) Κοντουδάκη Ιωάννου του Χαραλάμπους της ποινής αρχομένης την 24-9-1957 και ληγούσης την 24-9-1958 […]». (σ.σ. Της παραπάνω τελευταίας παράτασης είχαν προηγηθεί αρκετές άλλες).
Μαζί του εκλέχτηκε ο αείμνηστος γιατρός Κώστας Χιωτάκης. Τα τριάμιση χρόνια κοινοβουλευτικής θητείας του Κοντουδάκη υπήρξαν γόνιμα. Μέσα στα πλαίσια των κοινοβουλετικών του καθηκόντων και ως αγρότης, με βάση τα στοιχεία που μπορέσαμε και συλλέξαμε, οι ομιλίες του στη βουλή αφορούσαν κυρίως θέματα αγροτικής πολιτικής (ελαιόδενδρα, λάδι, εσπεριδοειδή, περονόσπορος, σταφίδα, αίγαγρος, άμβυκες), θέματα υγείας, δήμων και κοινοτήτων, εμπορίου, απεργιών, αυτοκινήτων, πορθμείων, βουλευτών κ.ά. Επίσης δύο φορές ζητήθηκε η άρση της βουλευτικής του ασυλίας.
ΧΑΝΙΑ 6 Οκτωβρίου. Οι τ. βουλευταί Χανίων κ.κ. Κ. Χιωτάκης και Ι. Κοντουδάκης διεμαρτυρήθησαν στην Κυβέρνησι για την «οξυνθείσα κατάστασι» στο νομό. Οι τέως βουλευταί καταγγέλουν ότι πολιορκούνται ασφυκτικώς τα γραφεία της ΕΔΑ και η οικία, και το ιατρείο του κ. Χιωτάκη, ενεργούνται δε πολυάριθμες σωματικές έρευνες επί πολιτών που οδηγούνται στα τμήματα. Οι υποψήφιοι βουλευταί παρακολουθούνται κατά πόδας, και καταστηματάρχαι και άλλοι πολίται υφίστανται κάθε είδους απειλές και πιέσεις.
ΧΑΝΙΑ 7 Οκτωβρίου. Οι υποψήφιοι βουλευταί κ.κ. Κ. Χιωτάκης και Ι. Κοντουδάκης, παρακολουθούνται κατά πόδας. (τηλεγραφική διαμαρτυρία των υποψηφίων προς την Κυβέρνησιν)
ΧΑΝΙΑ 10 Οκτωβρίου. Τους εισόδους τους πόλεως, όπου η Χωροφυλακή εγκατέστησε μπλόκα και ερευνά όλους τους εισερχόμενους αγρότες υπέστη έρευνα και ο υποψήφιος του ΠΑΜΕ, ιατρός κ. Μαυριγιαννάκης.
ΧΑΝΙΑ 17 Οκτωβρίου. Οι τ. βουλευταί και υποψήφιοι του ΠΑΜΕ κ.κ. Κ. Χιωτάκης, Ηλ. Μπρεδήμας και Ι. Κοντουδάκης με τηλεγράφημα τους διαμαρτύρονται για το τρομοκρατικό όργιο και τις αήθεις προκλήσεις των οργάνων Χωροφυλακής και τραμπούκων της ΕΡΕ εις τη διάρκεια της προεκλογικής συγκεντρώσεως που πραγματοποιήθηκε την Τρίτη στα Χανιά. Τα γεγονότα αυτά διαδραματίστηκαν παρουσία του διοικητού Χωροφυλακής Χανίων. Η συγκέντρωσις η οποία είχε ορισθή να πραγματοποιηθή στον κινηματογράφο «Απόλλων», εματαιώθη λίγες ώρες προ της αφίξεως της αντιπροσωπείας του ΠΑΜΕ, λόγω πιέσεων που ησκήθησαν επί του ιδιοκτήτου να αθετήση τις υποχρεώσεις του.
ΧΑΝΙΑ 20 Οκτωβρίου. Παρεμποδίζεται η επικοινωνία των πολιτών με τους υποψηφίους του ΠΑΜΕ. (Καταγγελία των υποψηφίων, Χιωτακη, Κοντουδακη, Μπρεδημα)».
Συμμετέχει, επίσης, στις βουλευτικές εκλογές της 16 Φεβρουαρίου 1964 με την ΕΔΑ και συνυποψηφίους τους Βαρδή Βαρδινογιάννη, Σήφη Μαυριγιαννάκη, Παύλο Μιχελιουδάκη και Κώστα Χιωτάκη.
Το 1959, παντρεύεται τη Μαρία Βακάκη, από δημοκρατική οικογένεια η οποία θα σταθεί δίπλα του και θα παλέψει στα δύσκολα χρόνια των διωγμών και της εξορίας που έπονται, μεγαλώνοντας τα δυό παιδιά τους.
Από το 1964 ως το 1967 ήταν μέλος της επιτροπής σύνταξης στην εφημερίδα "Αλήθεια". Συνήθως έγραφε για αγροτικά και ιστορικά θέματα. Εντύπωση προκαλεί η προφητικότητα των άρθρων του για την Ευρωπαϊκή Κοινότητα (ΕΟΚ).
1 Λευτέρης Ι. Ηλιάκης, Ο Εμφύλιος πόλεμος στην Κρήτη, σελ. 36, Χανιά 2002.
2 ΜΑΥΡΗ ΒΙΒΛΟΣ, Το εκλογικό πραξικόπημα της 29ης Οκτωβρίου, Αθήναι 1962
